Le domaine CF0
Il s'agit également d'un complexe multiprotéiques intégré à la membrane des thylacoïdes. La stoechiométrie des sous-unités est 1a, bb', 10c.
Les sous-unités c, très hydrophobes, sont formées de 2 hélices α transmembranaires. L'une de ces hélices renferme un groupement basique pouvant accepter un proton (= protonable), situé en position médiane. Les sous-unités c forment une "couronne" au sein de la membrane (Figure 36A). La sous-unité a forme 2 demi canaux à protons permettant le passage des protons entre les deux faces de la membrane, le passage d'un demi canal à l'autre s'effectuant via les sous-unités c. Les sous-unités b et b' possèdent un segment transmembranaire, qui les ancrent dans la membrane et un domaine très polaire établissent une liaison avec la partie CF1 de l'enzyme via la sous unité δ (Figure 36A).