5.3.2.3 Exercice d'application de la méthode UPGMA
Question
Soit la matrice de distance suivante entre les OTU A à E.
Utiliser cette matrice pour établir la phylogénie de ces 5 OTU par la méthode UPGMA.
Aide simple
Rappelez-vous qu'il faut dans un premier temps trouver la distance la plus courte dans la matrice, regrouper ces OTU les plus proches et recalculer une nouvelle matrice en tenant compte de ce regroupement. Réitérez jusqu'à obtention d'un arbre complet. N'oubliez pas que chaque branche doit être proportionnelle aux distances séparant les différentes unité taxonomiques initiales ou recomposées.
Solution détaillée
La distance la plus courte est celle mesurée entre A et B. Il vous faut donc les regrouper et réétablir une matrice suivante. Pouyr la méthode de calcul, revoyez l'exemple donné dans le chapitre précédent.
Dans cette nouvelle matrice, la distance la plus courte est celle entre C et D. La nouvelle matrice est donnée ci-dessous.
Cette fois, la distance la plus courte est celle entre le groupe (AB) et le groupe (CD). La dernière matrice est donnée ci-dessous.
L'ensemble des valeurs obtenue successivement permettent de construire l'arbre suivant :
Remarque :
La distance entre deux OTU est parcourue pour moitié par chacune d'elle. Chaque distance prise en compte est donc divisée par 2 sur l'échelle de la figure ci-dessus.