5.3.3 - Enracinement d'un arbre
Pour évaluer la parenté entre OTU, un arbre doit être raciné, or aucune méthode phylogénétique efficace ne permet de produire un tel arbre. Il existe toutefois plusieurs manières de raciner un arbre, les plus commune étant l'enracinement moyen et l'utilisation d'un groupe externe (fig. 46).
L'enracinement moyen part du principe que l'horloge moléculaire est respectée et par conséquent que l'ensemble des feuilles de l'arbre doivent être à équidistance de la racine. Dans cette approche, la racine est donc placée au point dans l'arbre correspondant à la position moyenne (en terme de distance) entre les feuilles de l'arbre et la racine.
Méthode : Raciner un arbre
La principe du groupe externe consiste à introduire dans le jeu de données, en complément des OTU que l'on souhaite analyser, formant alors le groupe d'étude, un ensemble d'OTU formant un groupe externe, choisies a priori de telle sorte qu'elles partagent un ancêtre commun avec le groupe d'étude, tel que cet ancêtre soit plus ancien que l'ancêtre commun des OTU constituant le groupe d'étude. Il en résulte un groupe d'étude monophylétique au regard du groupe externe. La branche qui lie le groupe externe au groupe d'étude le joint à la racine de ce dernier. Dans la figure 5.50, les mammifères sont utilisés pour raciner le groupe monophylétique des sauropsides (oiseaux + reptiles).
