5.1.2.2.1 - Non exhaustivité de l'information analysée
La reconstitution d'une phylogénie implique de comparer les unités taxonomiques sur la bases d'un ensemble de caractéristiques observables et mesurables (anatomiques, physiologiques, moléculaires...) (voir chap. 5.2.2). L'idéal serait de pouvoir accéder à toutes les informations qui caractérisent chaque unité taxonomique, et ceci pour l'ensemble des taxons qui constituent le groupe dont on souhaite établir la phylogénie. Dans les faits il n'est pas possible de récolter l'intégralité des informations qui caractérisent la spécificité d'une unité taxonomique.
En pratique, on travaille sur des sous-ensembles des caractères spécifiques d'une OTU, ce qui de fait engendre un point de vue particulier sur les taxons comparés. Les phylogénies inférées à partir de différents jeux de données peuvent alors « varier » suivant les ensembles de caractères échantillonnés (fig. 5.5). Ainsi, l'un des défis de l'analyse phylogénétique est de proposer une phylogénie consensuelle qui intègre le maximum de l'information distribué dans les différents caractères échantillonnés.