5.1.2.1 - Une démarche scientifique basée sur des hypothèses
Si la biodiversité actuelle nous est directement accessible, ce n'est pas le cas de la diversité passée (fig. 5.4).
Il en résulte que les parentés évolutives entre organismes doivent être inférées[1] sur la base d'un ensemble d'hypothèses de travail, la première étant que prises deux à deux, toutes les espèces partagent un ancêtre commun. Si l'on cherche à reconstituer les liens de parenté entre N espèces actuelles, il y a en théorie une infinité de scénarios possibles, parmi lesquels celui qui décrit l'histoire évolutive qui s'est vraiment réalisée.
Complément : Nombre d'arbres possibles en fonction du nombre d'espèces considérées
En appliquant la formule ci-dessus, on découvre que pour 10 espèces (N=10) il existe alors plus de 2 millions d'arbres possibles, avec N=13, on approche les 14 milliards.
Parmi les hypothèses de travail qui seront posées dans le cadre d'une analyse phylogénétique, la première est que l'évolution est un processus minimaliste . On dit que l'évolution est parcimonieuse. Ainsi, les phylogénies reconstruites (déduites) se caractérisent par un nombre minimal de mutations, d'ancêtres, les trajectoires les plus courtes qui caractérisent les processus évolutifs et décrivent une lignée évolutive. L'ensemble de ces hypothèses constitue le scénario le plus probable compte-tenu de ces hypothèses de travail, sans qu'il soit possible toutefois de garantir qu'il s'agit de l'histoire vraie. Il en résulte que l'on distingue dans une phylogénie les organismes effectivement étudiés ou Unités Taxonomiques Opérationnelles (OTU) des ancêtres théoriques inférés, désignées par le nom d'Unité Taxonomique Hypothétique (HTU).