5.1.3.2.3 - Position des espèces disparues
La phylogénie permet de retracer l'histoire évolutive des espèces actuelles, mais aussi des unités taxonomiques éteintes tel que les dinosaures. Il faut alors considérer ces espèces éteintes comme les derniers représentants d'une lignée évolutive « close ». Bien que faisant référence à des spécimens ayant vécu en des temps ancestraux, ils doivent être placés sur des feuilles dans l'arbre et non en tant que nœud ancestral (fig. 5.16). En effet, considérant des données fossiles, à aucun moment dans l'acquisition des informations évolutives et la construction d'une hypothèse phylogénétique, il ne peut être prouvé que l'individu fossilisé est un représentant d'une espèce dont on peut tracer la descendance pour retrouver un représentant actuel (le chaînon manquant).
Attention : En détail
Le partage de caractères émergents (voir chapitre 5.2.1) permet fréquemment d'établir la parenté entre un organisme fossile disparu (F) et différentes espèces modernes (α et β). Il a longtemps été de mise de considérer alors cette espèce comme un ancêtre commun et de la positionner sur une branche de l'arbre phylogénétique (fig. 5.17).
Pourtant, dans la très grande majorité des cas, aucune preuve ne peut être fournie de ce lien de parenté direct. On peut donc supposer qu' à chaque époque, plusieurs espèces ayant des propriétés équivalentes coexistaient et que la probabilité que le fossile enregistré appartienne à celle qui a des descendants actuels est faible. Il convient alors de positionner le fossile sur une "feuille", à l'extrémité d'une branche cousine et d'admettre que le véritable ancêtre des espèces modernes reste inconnu (A ? sur la fig. 5.18).
Exemple : Des sarcoptérygiens aux tétrapodes
De nombreux fossiles ont été trouvés présentant l'acquisition progressive des caractères spécifiques des tétrapodes à partir des sarcoptérygiens du Dévonien. Il serait tentant de voir dans ces espèces les étapes successives de cette transformation, dans une suite d'espèces apparentées (fig. 5.19).
Mais les fossiles identifiés ne représentant sans doute qu'une infime partie de la biodiversité existant, la seule représentation raisonnable de cette histoire est celle proposée par Ahlberg et Clack [1] (fig. 5.20).
