5.1.3.1.3 - Longueur des branches
Dans un arbre phylogénétique, les branches peuvent être de longueur fixe ou variable. Lorsqu'elles sont de longueurs identiques, les branches décrivent une lignée évolutive suivant une unité arbitraire constante. La phylogénie se résume alors à une topologie et l'accent est mis sur les relations de parenté et l'ordonnancement relatif des ancêtres des OTU étudiés (fig. 5.11a).
Dans le cas où les branches sont de longueur variable, la taille des branches est un indicateur de temps évolutifs (voir chap. 4.2.1)qui séparent les nœuds successifs dans une topologie. Il est alors possible d'interpréter une phylogénie en terme de relation de parenté, et d'évaluer le temps évolutif séparant les différents nœuds / feuilles ; plus la branche est longue, plus le temps qui sépare deux nœuds consécutifs est long (fig. 5.11b).
Attention : Longueur de branche et échantillonnage
La longueur des branches est variable en fonction de l'échantillonnage fait sur les groupes taxonomiques considérés. En effet, peu d'ancêtres hypothétiques seront inférés si le groupe taxonomique est peu représenté (exemple de l'Homme fig. 5.12a). Les branches qui sépareront ce groupe de l'ancêtre commun le plus proches aux autres unités taxonomiques dans la phylogénie risque d'émerger à proximité de la racine. Cela ne traduit pour autant pas une origine précoce de cette lignée évolutive en particulier. Ainsi, comme le démontre la figure 5.12b, si la phylogénie intègre de nombreux tétrapodes, la lignée humaine apparaît alors comme récente.