Introduction à la biologie de l'évolution

Sur la première dimension de l'arbre, on retrouve l'ensemble des spécimens dont on souhaite établir la phylogénie (fig. 5.9). Ces OTU, alignées à l'une des extrémités de l'arbre sont ses feuilles. Elles représentent la diversité actuelle. La seconde dimension représente la ligne du temps. Elle s'écoule depuis les temps les plus anciens vers le temps présent représenté les feuilles de l'arbre. A l'opposé des feuilles par rapport à la ligne du temps, on retrouve le plus ancien ancêtre commun à l'ensemble des OTU considérés. C'est la racine de l'arbre.

Les lignes qui lient la racine aux feuilles sont les branches. Elles représentent des lignées évolutives et retracent l'histoire des unités taxonomiques depuis leurs ancêtres communs jusqu'aux espèces actuelles. Au cours du temps depuis la racine, les branches peuvent bifurquer pour former au plus deux lignées filles. Il y a alors formation d'un nœud interne qui représente l'ancêtre commun hypothétique (HTU) des deux lignées filles.

L'ensemble de la structure racine + branches + nœuds + feuilles constitue la topologie de l'arbre. Elle décrit les relations de parentés entre les différentes OTU.