Deux catégories de protéines déterminées par la présence ou l'absence du peptide signal
Dans un but didactique, on séparera donc arbitrairement les protéines synthétisées en deux catégories :
des protéines destinées au cytosol et aux organites strictement intracellulaires comme la mitochondrie, le noyau et le peroxysome,
des protéines destinées aux membranes et lumières du REr, du Golgi, du lysosome et des vésicules de sécrétion.
C'est la nature de la protéine elle-même qui détermine sa destination grâce à la présence de séquences peptidiques spécifiques (étiquettes), de longueur variable (3 à 30 acides aminés).
Un premier étiquetage porte sur l'éventuelle présence d'une séquence linéaire hydrophobe N–terminale qui servira à l'ancrage sur le réticulum endoplasmique rugueux (REr) et qui rangera la protéine en synthèse dans la catégorie 2 (voir figure 2). Les protéines qui ne portent pas cette séquence appartiennent toutes à la catégorie 1. Cette étiquette N–terminale, responsable d'un tri qualifié de co-traductionnel, est nommée « peptide signal » (signal peptide ou SignalP).
Remarque :
La base de données SignalP permet de prédire l'existence d'un peptide signal dans une séquence amino-acidique d'une protéine quelconque.
Pour en savoir plus, consultez le site web : http://www.cbs.dtu.dk/services/SignalP/
Un second étiquetage, porte sur l'éventuelle présence d'autres séquences (non obligatoirement N–terminales, hydrophobes ou linéaires) qui serviront à déterminer, de plus en plus précisément, la place de la protéine en cours d'acheminement vers son site définitif. Cette étiquette responsable d'un tri qualifié de post-traductionnel, est nommée « peptide de destination » (target peptide ou TargetP).