Introduction
Pour pouvoir être comparées, les ressemblances décrites doivent avoir une origine ancestrale commune, c'est à dire que cette ressemblance soit l'héritage d'une caractéristique déjà présente chez l'ancêtre commun aux OTU considérées.
Il s'agit en première approximation pour le scientifique de faire “un pari” sur l'origine de ressemblances observées entre deux spécimens. Ainsi si l'on s'attache aux principes de l'anatomie comparée[1] ( Darlu et Tassy, 1976[2]), on constate par exemple que “chez un pigeon et chez un homme, l'humérus est connecté à la scapula et au couple radius/cubitus ( voir animation). De ce constat, le scientifique pourra construire une hypothèse sur l'origine de cette ressemblance : “cette identité de situation peut s'interpréter comme une ascendance commune aux deux spécimens”.
On dit d'une caractéristique commune chez deux espèces qu'elle est homologue si elle dérive d'une même caractéristique chez leur ancêtre commun. Ainsi par exemple (fig. 5.26 à gauche) l'organisation anatomique des membres antérieurs des tétrapodes[3] (patte, bras, nageoire, aile) est semblables chez tous les tétrapode, car elle est héritée de l'organisation du membre antérieur de l'ancêtre de tous les tétrapodes.Seule la phylogénie une fois établie permet cependant de confirmer ou d'infirmer l'hypothèse d'homologie (eg. Origine des membres antérieurs des tétrapodes, fig. 5.26 à droite).
