Introduction à la biologie de l'évolution

Par définition l'homologie décrit une origine ancestrale unique d'un caractère. Aussi, pour affirmer une relation d'homologie entre deux caractéristiques comparées, il est nécessaire de connaître la phylogénie des OTU qui portent ces caractéristiques.

Cependant, nous le verrons un peu plus tard (chap. 5.3), pour inférer une phylogénie, il est nécessaire de travailler avec des caractères homologues (partageant un origine ancestrale). C'est le dilemme de l’œuf et de la poule ! D'un point de vue méthodologique, il est donc nécessaire de distinguer l'homologie primaire, soit une hypothèse d'homologie faite a priori, avant que la phylogénie ne soit réalisée, de l'homologie secondaire. Cette dernière, également appelée homologie de filiation correspond à une homologie primaire confirmée par l'analyse phylogénétique. Si l'homologie primaire n'est pas confirmée, le caractère considéré relève d'une homoplasie (fig. 5.29).