L'extinction non photochimique
Lorsque les plantes sont exposées à d'intenses éclairements, l'excès de l'énergie absorbée est dissipé sous forme de chaleur. Plusieurs mécanismes concourent à la mise en place de l'extinction non photochimique. Le mécanisme d'extinction le plus intense est l'extinction énergie dépendante (qE). Il nécessite l'agrégation des complexes protéines-pigments. Lorsque les trimères de LHCII sont sous forme isolée comme par exemple en solution diluée, chaque entité se comporte indépendamment et l'énergie lumineuse absorbée est réémise sous forme de fluorescence (Figure 63A). Lorsque la concentration en trimère est suffisante pour que les trimères se trouvent à proximité les uns des autres comme c'est le cas dans les cristaux ou dans les membranes thylacoïdales non stressées, une petite partie de l'énergie absorbée continue à être réémise tandis que le reste de l'énergie absorbée est dissipée sous forme de chaleur (Figure 63B-C).