5.2.1.1 Orthologie, paralogie, homoplasie
Considérant une caractéristique homologue, on distingue :
l'orthologie : un caractère est dit orthologue s'il est dérivé d'un caractère ancestral par un phénomène de spéciation (fig. 5.27) (voir chap. 2.2). Les caractères orthologues seront comparés entre espèces (ε et ε1 par exemple)
la paralogie : un caractère est dit paralogue s'il est dérivé d'un caractère ancestral par un phénomène de duplication (ε1 et ε2) (voir chap. 3.2.5.2). Les caractères paralogues seront retrouvés au sein d'une même espèce ou entre espèces lorsque la duplication est suivie de phénomènes de spéciation.
Si l'existence d'une caractéristique comparée et partagée par différentes OTU ne peut s'expliquer par une origine ancestrale unique, on parlera de caractéristique homoplasique. Une homoplasie décrit ainsi l'idée de l'émergence à plusieurs reprises au cours de l'évolution d'une propriété et se traduit dans un arbre phylogénétique par une polyphylie (fig. 5.28).
