I - Distinction des phénotypes sexuels
Chez les animaux, la reproduction sexuée est associée à l'existence de deux phénotypes l'un mâle, l'autre femelle. Les deux phénotypes se distinguent par un ensemble de caractères, dont la plupart sont internes. Il convient donc de pratiquer une dissection d'un animal pour faire la comparaison des morphologies qui existent entre les appareils génitaux mâle et femelle.
Les phénotypes sexuels mâle et femelle diffèrent par :
- Les caractères sexuels primordiaux, ce sont les glandes génitales : - les testicules : producteurs de spermatozoïdes pour les mâles 
- les ovaires : producteurs d'ovules pour les femelles 
 
- Les caractères sexuels primaires, ce sont : - les voies génitales - chez les femelles : oviductes, utérus et vagin 
- chez les mâles : canaux (épididyme et spermiducte), vésicules séminales, prostate 
 
- les organes génitaux externes - chez les femelles : vulve, clitoris 
- chez les mâles : pénis 
 
 
Les caractères sexuels secondaires sont plus ou moins liés à la fonction de reproduction (mamelles, pilosité, voix, taille, comportement...). Ils sont aussi plus ou moins marqués suivant les espèces de mammifères.
Remarque : Cas de l'hermaphrodisme
Chez certains individus dont le développement embryonnaire est perturbé, la différenciation de l'appareil reproducteur se fait incomplètement, menant à des caractéristiques phénotypiques femelle et mâle. On parle d'hermaphrodisme.

