5.1.3.2.2 - Groupes et clades
Quand on lit un arbre, au-delà de retracer les lignées évolutives des différents OTU, on cherche à caractériser des groupes d'organismes sur la base de propriétés partagées. Par exemple, on peut vouloir caractériser l'ensemble des animaux qui allaitent leurs petits ou encore l'ensemble des animaux à sang chaud.
Considérant un groupe d'organismes que l'on souhaite caractériser, on distinguera (fig. 5.14) :
le groupe monophylétique : il est composé de l'ensemble des spécimens du groupe considéré ainsi que l'ensemble de leurs ancêtres hypothétiques communs. Dans ce cas on parle également de clade.
Il est défini grâce à un ou plusieurs caractères nouveaux apparu(s) chez un ancêtre exclusif.
le groupe paraphylétique : il est composé de l'ensemble des spécimen du groupe étudié ainsi que leurs ancêtres commun, mais ici une partie seulement des descendant du plus ancien ancêtre commun au groupe sont inclus.
Il est défini par exclusion d'un caractère nouveau apparu dans une lignée apparentée ou par l'état ancestral d'un caractère.
le groupe polyphylétique : il s'apparente au groupe paraphylétique dans le sens où il intègre un sous ensemble des ancêtres communs au groupe considéré, mais se distingue par le fait que l'on peut identifier plusieurs sous-groupes.
Il est généralement défini par un caractère apparu plusieurs fois de façons indépendantes.
Exemple :
Sur la phylogénie de la figure 5.15 regroupant différentes unités taxonomiques, vous pouvez remarquer que :
les mammifères représentent un groupe monophylétique. Ils sont caractérisés par l'apparition de l'allaitement.
les poissons constituent un groupe paraphylétique. Ils sont regroupés par la vie aquatique et la présence de branchies, caractères hérités de leur ancêtre commun avec les tétrapodes. Il en va de même pour les reptiles.
les homéothermes (animaux à "sang chaud") constituent un groupe polyphylétique. L'homéothermie est un caractère apparu de façon indépendante chez les oiseaux et chez les mammifères.
