Outre la fondation de l'école pythagoricienne, il serait à l'origine de la gamme musicale fondée sur le « cycle des quintes », et lui a donné son nom. Selon Isocrate (Busiris, 28–29), c'est lui qui introduisit la philosophie en Grèce, et qui inventa ce mot. Il aurait également introduit les mesures et les poids. Pythagore étudia les sciences mathématiques qu'il a apprises des Égyptiens, des Chaldéens (astronomie) et des Phéniciens (nombres et calculs arithmétiques). Il aurait également appris l'art de faiseurs de miracles de Phérécyde. On rapporte d'ailleurs de nombreuses légendes sur son compte, faisant état de ses dons d'ubiquité, de sa jambe en or, etc.

Vers la fin de sa vie, Pythagore s'enfuit pour Métaponte à la suite d'un complot fomenté en son absence contre lui et tous les pythagoriciens dont certains furent brûlés vifs dans une maison par les hommes d'un noble de Crotone, Cylon. Ce dernier voulait ainsi se venger du vieux Pythagore qui l'avait jugé inapte à suivre les enseignements de l'école. Ces persécutions conduisirent à la dispersion des membres de l'école pythagoricienne, et marquent le commencement du déclin de l'influence pythagoricienne en Italie, dont le dernier bastion fut Tarente, avec Archytas de Tarente.

Pythagore serait mort à Métaponte, où il fut enterré, à l'âge de 90 ans.

Son influence a été très grande. Les compagnons identifiaient Pythagore comme l'une de leurs références, notamment en raison de la rigueur de l'enseignement, du caractère scientifique, mathématique, communautariste.